สำนักงานกลางกองการวิปัสสนาธุระ หรือที่รู้จักกันในชื่อ คณะ ๕ วัดมหาธาตุ เป็นศูนย์กลางงานเผยแผ่พระพุทธศาสนาด้านวิปัสสนาธุระ ประจำวัดมหาธาตุ นับตั้งแต่ปีพุทธศักราช ๒๔๙๔ เป็นต้นมาถึงปัจจุบัน โดยระหว่างนั้น พระเดชพระคุณหลวงพ่อ พระธรรมธีรราชมหามุนี (โชดก ญาณสิทฺธิ ป.ธ.๙) ได้เริ่มเข้าศึกษาภาคปฏิบัติที่มณฑป วัดมหาธาตุ มีพระครูภาวนาวภิราม (จากวัดระฆัง) เป็นพระวิปัสสนาจารย์คอยให้การแนะนำ
พ.ศ. ๒๔๙๕ ไปดูการพระศาสนาที่ประเทศพม่า และได้ปฏิบัติวิปัสสนากรรมฐาน ณ สำนักศาสนายิสสา เมืองอย่างกุ้ง ประเทศพม่า เมื่อสำเร็จการศึกษาและปฏิบัติวิปัสสนาแล้ว ได้เดินทางกลับประเทศไทยพร้อมกับพระอาจารย์ด้านวิปัสสนากรรมฐาน ๒ รูป ที่รัฐบาลไทยขอจากรัฐบาลพม่าเพื่อมาสอนวิปัสสนากรรมฐาน ประจำอยู่อยู่ในประเทศไทย พระวิปัสสนาจารย์ ๒ รูปนั้น คือ ท่านอาสภเถระปธานกัมมัฏฐานาจริยะและท่านอินทวังสะ ธัมมาจริยะกัมมัฏฐานาจริยะ
เมื่อท่านกลับมาประเทศไทยแล้ว ท่านได้ปฏิบัติวิปัสสนากรรมฐานอยู่อีก ๔ เดือน ในสมัยนั้นท่านเจ้าประคุณเด็จพระพุฒาจารย์ครั้งดำรงสมณศักดิ์ที่ พระพิมลธรรม ได้ประกาศตั้งสำนักวิปัสสนาธรรมฐานแห่งประเทศไทย ขึ้นที่วัดมหาธาตุ และได้แต่งตั้งท่านครั้งเป็นพระมหาโชดก ป.ธ. ๙ ให้เป็นพระอาจารย์ใหญ่ฝ่ายวิปัสสนาธุระเป็นรูปแรก ท่านได้รับภาระหนักมาก เพราะเป็นกำลังสำคัญของท่านเจ้าประคุณสมเด็จ ในการวางแผนขยายสำนักสาขาไปตั่งในที่ต่างๆทั่วประเทศ จัดทำหลักสูตรวิปัสสนากรรมฐานคัดเลือกพระวิปัสสนาจารย์ไปสอนประจำอยู่ตามสำนักสาขาที่ตั้งขึ้นและจัดไว้สอนประจำที่วัดมหาธาตุ พระวิปัสสนาจารย์ทั่วประเทศ ส่วนมากเป็นศิษย์ของท่าน
จึงอาจกล่าวได้ว่า วัดมหาธาตุ คณะ ๕ นี้ เป็นจุดเริ่มต้นงานเผยแผ่พระพุทธศาสนาด้านวิปัสสนาธุระมาอย่างยาวนาน อีกทั้งปัจจุบันก็ยังมีผู้ที่สนใจ เดินทางไปศึกษาและปฏิบัติวิปัสสนา ตามตารางเวลาที่ได้กำหนดไว้ โดยมีพระวิปัสสนาจารย์คอยให้การแนะนำอย่างใกล้ชิด เพื่อมิให้ผู้ปฏิบัติเกิดข้อกังขา หรือกระทั่งว่า ปฏิบัติออกนอกหลักมหาสติปัฏฐานนั่นเอง